事件直後、山上の会員記録削除の指示も書かれていた

銃撃当日の奈良教区長の報告にはこう記されている。

〈本日、全食口（信者）総動員祈祷出発式が終わり自民党奈良県公認候補、佐藤啓候補者の応援集会を10時から行ないました。

候補者本人は11時からの大和西大寺駅前の安倍前総理の応援演説があり来ることができず、夫人が代わりに来て奈良教会で応援集会をしました。

応援集会の後、一部の食口が安倍前首相の応援演説に参加するため駅へ行き、残りの食口たちは（勝利のため）電話掛け大会をしていました。

電話掛け大会のさなか11時40分ごろ、食口たちが全身を震わせながら泣いて戻ってきて安倍前首相が２発の銃（弾）を受け血を流しながら倒れたのを見たといい、前首相のため皆が祈りました〉

現場で取り押さえられた銃撃犯が山上被告だと報じられると教区長には信者であるＡ子さん（仮名）の息子ではないのかと確認する連絡が入る。

〈山上徹也が大和郡山教会の所属になっており、本部田中会長様（田中富広会長）の指示で会員記録を削除しました。（中略）Ａ子さんと長男が清平40日修練に参席したことがあり、次男徹也さんも１泊２日清平修練会に一回行ったことがあると聞きました〉（教区長）

Ａ子さんの入信が山上家を解体させた経緯を教団が把握していたことも書かれている。

〈（Ａ子さんは）家まで売って数億の献金をしたということです。その後献金した事実を知り長男が教会にひどく反対し刃物を持ち教会にきたこともあったといいます。そのように母子関係が最悪の状況で（中略）長男は自殺しました。

そうした家庭環境なので犯人も教会に恨みを持ったようです。（中略）生活の困難を訴えていたＡ子さんに（教団は）5000万を返したといいます〉（教区長）

地元組織幹部は「対策」を立てるためＡ子さん宅へ急ぐが「すでに警察が家の前を守っており」何もできなかったという。

普段連絡を取っていた信者がＡ子さんにLINEを送ったが既読が付かず電話も取らなかったとし、本部から幹部が訪れて対策会議が行なわれ、教会の当分の間の閉鎖を決めたと報告には書かれている。

そして教区長は銃撃事件が献金を背景に起きたとの見方をもとに、

〈（山上被告が）母A子さんが教会にした献金を強要されていたとか、教会のために自分の家族がこのように悲惨なことになったと陳述する場合、われわれに大きな打撃となることが予想されます〉

と後に訪れる事態を正確に見通していた。