文久2年（1862年）に、土佐国高岡郡佐川村（現在の高知県高岡郡佐川町）で酒造業を営む「岸屋」の長男として誕生。ほぼ独学で植物の知識を身につけ、明治17年（1884年）に東京大学理学部植物学教室への出入りを許される。明治21年（1888年）に自ら石版印刷を学んで作りあげた『日本植物志図篇』第1巻第1集を刊行。菓子屋の娘・小澤壽衛子と結婚。明治22年（1889年）に日本で初めて新種ヤマトグサに学名をつけて発表。以来『大日本植物志』などを出版し、『牧野日本植物図鑑』は現在まで改訂を重ね、読み継がれている。