1953年12月10日生まれ。静岡県出身。1977年、東京大学農学部農芸化学科卒業。
東大生の時、担当教授の研究方針を非難すると、しばらくすると机や実験台が使えなくなったが、それでも論文を発表し続けた。その後、アメリカ・イリノイ大学留学を経て、世界中の微生物研究者に評価され、43歳の若さで東大の教授となる。富山大学教養部助教授、東京大学大学院農学国際専攻教授等を経て、2003年より東京大学生物生産工学研究センター教授を務める。2016年に東京大学を退職。現在は東京大学名誉教授に就く。専門は微生物系統分類、腸内細菌学など。